مهمترین فعالیتهای معاونت پ‍ژوهش به این شرح است: 1- برگزاری کارگاههای آموزشی پژوهشی. 2- کارگاه روش تحقیق در معارف اسلامی. این کارگاه توسط اساتید برجسته مشهد و قم مانند دکتر طرقی، دکتر رضایی کرمانی، دکتر علوی، دکتر زینتی، استاد حاج ابراهیمی هر ساله برای طلاب قدیم و جدید برگزار گردیده و ادامه دارد. طلاب شرکت کننده علاوه بر شرکت در کارگاهها فعالیت تکرار پژوهی را به صورت کارورزی انجام می دهند. کارگاه روانشناسی تبلیغ: این کارگاه توسط حجه الاسلام استاد زینتی از اساتید برجسته حوزه علمیه قم برگزار شد. طلاب در این کارگاه به طراحی و اجرای سخنرانی های تبلیغی بر پایه روان شناسی اسلامی فعالیت می کردند. در پایان کارگاه نیز هر یک از طلاب متن سخنرانی را با توجه به ملاکهای روان شناسی، طراحی کرده و  جهت ارزیابی برای استاد ارسال نمودند. کارگاه مدیریت و برنامه ریزی: این کارگاه نیز توسط استاد زینتی در ادامه کارگاه روانشناسی تبلیغ برگزار گردید و با استقبال گرم طلاب مواجه شد. دوره مقدماتی و تکمیلی مکالمه عربی: دوره مقدماتی و تکمیلی مکالمه عربی معاصر با شیوه های نوین در تابستان سال 87 برگزار شد که با توجه به علاقمندی طلاب، دوره تکمیلی مکالمه در خود مؤسسه برگزار شد و به برگزیدگان هر دوره جوایزی اهدا شد. د راین برنامه علاوه بر کلاسهای آمزشی از امکانات ماهواره ای، کتابهای داستان عربی، CD  های آموزشی، سخنرانی عربی و... استفاده شد.

در این شیوه آموزشی همه طلاب در یک اردوی علمی موظف به صحبت کردن عربی بوده و مجاز به صحبت به فارسی به هیچ وجه نبودند.

- کارگاه روش تدریس

این دوره کارگاهی نیز با توجه به اهداف و سیاستهای مؤسسه برگزار گردید و طلاب با شیوه های نوین تدریس آشنا شدند. برگزاری جذاب کارگاه  و استفاده از کارگروههای متشکل از طلاب توسط استاد زینتی و استقبال گرم طلاب، جزء بهترین کارگاههای برگزار شده به شمار می رود.

- کارگاه آشنایی باعلوم و معارف حدیث

این کارگاه توسط استاد برجسته حوزه علمیه مشهد حجت الاسلام ربانی بیر جندی و آیت الله جزائری در دو بخش فقهی و حدیثی برگزار گردید.

- آشنایی با نرم افزارهای علوم اسلامی

این کارگاه جزء کارگاههای سالانه مؤسسه می باشد که هر سال توسط اساتید گوناگونی برگزار می گردد. دکتر محمد علی قاسمی، حجت الاسلام روحبخش، استاد بهمن و... از جمله این اساتید هستند.

- آموزش کامپیوتر

این آموزشها که توسط استاد بهمن برگزار می گردد، با توجه به رویکرد پژوهشی صورت گرفته است به گونه ای که فقط مطالبی آموزش داده می شود که در فعالیت های پژوهشی طلاب مؤثر باشد و از ذکر مطالب بی فایده پرهیز می گردد.

سرفصلهایی از قبیل وان نوت، ورد،  ICDl در این کارگاهها آموزش داده شده و ادامه دارد.

  • · تحقیقات ترمی دروس آموزشی:

با توجه به اهمیت پژوهش در دروس آموزشی، طلاب بعد از گذراندن یک ترم درسی، موظف به نوشتن مقاله می باشند. این مقالات توسط اساتید مؤسسه و استادان مشاور برجسته، راهنمایی می شوند. تا کنون در این زمینه مقالات زیادی نوشته شده که تعداد آن قریب به 50 مقاله پژوهشی و بیش از 20 تحقیق کلاسی نگارش یافته که به برخی از آنها اشاره می شود:

-آرامش از نگاه قرآن

-روشهای مقابله با تنیدگی از منظر قرآن و حدیث

-اعتدال در نهج البلاغه

-پیمان ایمان

-خاتمیت نفی مسلک باب و بهاء

-زیانکاران از منظر قرآن

-دشمنی از منظر اسلام

-موانع فراروی همگرایی مسلمانان و راهکارهای

-خودبینی و کنترل جمعیت

-صفات خداوند در قرآن کریم به عنوان مربی

-پدیده بلا در نگرش به اسلام

-عبودیت از منظر سنت

-شک در نگاه قرآن کریم

-اصلاح الگوی مصرف از دیدگاه قرآن و حدیث

لازم به ذکر است برخی از این مقالات در رتبه های برتر و مقام سوم و شایسته تقدیر همایشهای استانی و چند استانی مانند مرکز مشاوره حوزه علمیه خراسان، مرکز مدیریت حوزه علمیه خراسان، همایش کشوری  قرآن و سلامت دانشگاه علوم پزشکی استان مازنداران و... مقامهایی را کسب نموده اند.

همچنین مقالات برتر هر ترم ارزیابی و طبقه بندی می گردد.

  • · پایان نامه فارغ التحصیلان

تاکنون عده ای از طلاب فارغ التحصیل دوره 4 ساله اول مؤسسه، پایان نامه های خود را با راهنمایی اساتید مجربی از جمله حجه الاسلام استاد الهی زاده ، حجه الاسلام استاد مرویان حسینی، حجه الاسلام استاد نظافت، حجه الاسلام استاد نخاولی و... نوشته اند. از جمله این پایان نامه ها می توان به موارد زیر اشاره کرد:

-ثروت و ثروتمندان در نهج البلاغه

-چگونگی ارتباط با دیگران از منظر حضرت امیر (علیه السلام

- شناخت واقعیتهای دنیا و نقش آن در زندگی بشر

- شیوه زندگی سالم در ارتباط با همسر

- مدیریت زمان از دیدگاه قرآن و حدیث

- اعتدال در رفع نیازهای انسان از دیدگاه اسلام

- دعا از دیدگاه قرآن و حدیث

لازم به ذکر است جلسات دفاع برخی از این پایان نامه ها برگزار شده و فارغ التحصیلان با نمراتی مانند 16.75 – 17.5 – 19 – 18 و... دوره های خود را به پایان رسانده اند.

همچنین حدود 6 نفر از فارغ التحصیلان دوره های بعد نیز در حال نگارش یا اتمام پایان نامه هستند. که امید است در سال 91 جلسه دفاعیه آنها برگزار گردد.

  • · شرکت در فراخوانهای پژوهشی

با توجه به اهمیت پژوهش در مؤسسه، فراخوانهای پژوهش دیگر مراکز، به اطلاع طلاب رسیده و آنها را تشویق به شرکت در این فراخوان ها می نماید. و یا شوق و علاقه ای که در میان طلاب مؤسسه وجود دارد، در این فراخوانها شرکت نموده و در برخی نیز مقامهایی کسب نموده اند از جمله فراخوانهایی که طلاب در آنها شرکت نموده اند می توان به موارد زیر اشاره کرد:

- فراخوان جشنواره آثار و مطالعات برتر طلاب در حوزه روان شناسی

- فراخوان آثار پژوهشی در «وحدت مسلمانان» مؤسسه بیان معرفت

کسب مقام سوم توسط یکی از طلاب مؤسسه در استان های خراسان رضوی ، شمالی  و جنوبی

- فراخوان دوره های گزینش آثار برتر پژوهشگران حوزه علیمه خراسان

کشب مقام های «شایسته تقدیر» توسط برخی از طلاب و اساتید مؤسسه

- فراخوان پژوهشهای برتر توسط دفتر تبلیغات حوزه علمیه خراسان

  • · پژوهشهای گروهی

- طرحی نو در پژوهش صحیفه سجادیه

صحیفه سجادیه به عنوان یکی از منابع اسلامی، تا کنون مورد توجه بسیاری از علماء و طلاب بوده اما فعالیتهای صورت گرفته در این کتاب شریف کافی نبوده و ضروری می نمود تا با رویکردی نو به دعاهای امام سجاد(ع) نگاه کرد. به همین دلیل در طرح پیام گیری از دعاهای صحیفه سجادیه به همت یکی از اساتید مجرب پایه ریزی شده و به کمک ایشان طلاب به صورت گروهی این طرح را اجرا نمودند.

در این رویکرد، همان روشی که در تفاسیر نور ، راهنما و ... بکار گرفته شده، در صحیفه سجادیه نیز استفاده شده و پیامهای پیدا و پنهان این دعاهای هدایت گر کشف و طبقه بندی شد.

طرح مذکور در مراحل نهایی قرار دارد و ان شاء الله در صدد چاپ و انتشار آن هستیم.

- «همت مضاعف و کار مضاعف»

عده ای از پژوهشگران مؤسسه در راستای تحقق منویات مقام معظم رهبری و در جهت ایجاد انگیزه در فضای عمومی جامعه ، اقدام به پژوهش در موضوع «همت  مضاعف و کار مضاعف از منظر قرآن» نمود و با روزها، بررسی تک تک آیات قرآن، پ‍ژوهش در خور مخققان و نویسندگان در این موضوع ارائه داد. این پژوهش در واقع خمیر مایه ای برای دیگر پژوهش هایی است که به این مقوله از زاویه قرآن نگاه می کنند.

- همکاری در پژوهش و برنامه نرم افزار سهم الارث

گروه دیگری از طلاب مؤسسه در تهیه نرم افزاری نو ویژه همکاری نمودند. این نرم افزار قابلیت مشخص کردن سهم الارث تک تک افراد را دارا است. نرم افزار مذکور توسط یکی از اساتید پژوهشگر حوزه طراحی  شده است، در حال اتمام و ارائه است.

- برداشتهای قرآنی رهبر معظم انقلاب

ایده نو این طرح که تاکنون در کشور نگاشته نشده، توسط یکی از دوستان ارائه شده و تاکنون جزء 30 قرآن به علاوه سوره مبارکه حمد نگارش یافته و با اتقان و سبک زیبا آماده ارائه و چاپ می باشد.

- برگزیده تمام لغات قرآن کریم

این پژوهش با رویکرد آموزش لغات قرآن کریم برای طلاب پایه اول به بعد نگاشته شده است که با همکاری 4 نفر از دوستان در مراحل نهایی تدوین و چاپ می باشد.

  • · خدمات و فوق برنامه های آموزشی پژوهشی

- جلسات مناظره و هم اندیشی

با توجه به ضرورت مناظره ها و کرسی های آزاد اندیشی، این مؤسسه جزء اولین مراکز حوزوی در مشهد بود که به این موضوع اهمیت داده و جلساتی را با عنوان های گوناگون به صورت درون مؤسسه ای برگزار نمود که با استقبال خوب طلاب مواجهه شد.

این مناظره ها توسط طلاب و با حضور و نظارت اساتید مؤسسه صورت می گرفت.

همچنین جلسات دیگری تحت عنوان هم اندیشی، برگزار شد که یکی از آنها جلسات هم اندیشی اساتید مؤسسه، و درباره موضوعات آموزشی مؤسسه بود.

  • · تهیه پیش نویس سند چشم انداز 4 ساله پژوهشی

هر چند تاکنون فعالیتهای خوبی در حوزه پژوهش صورت گرفته، اما به دلیل اهمیت ویژه ای که پژوهش در تحصیل طلاب ایفا می کند . توجه جدی به امر پژوهش طلاب را می طلبد به طوری که طلبه ورود به مؤسسه همزمان با گذراندن دوره 4 ساله آموزشی، دوره 4 ساله پژوهشی را پابه پای یکدیگر آموخته و مهارتهای لازم را کسب می کنند.

هر چند هدف اولیه این چشم انداز آموزشی پژوهشی محور نیست اما بی شک اولین گام در این موضوع است. به طوری که برخی از سرفصلهای آموزشی مؤسسه با توجه به رویکرد پژوهشی طلاب، اصلاح می وشد. اما آن چیزی که مهم است، تقدیر و تحسین اساتید برجسته حوزه و دانشگاه از این حرکت است که به اذعان آنها کاری است که کمتر در دیگر مراکز و مؤسسات به چشم می خورد. لازم به ذکر است، پیش نویس مذکور به پیوست تقدیم می گردد.

  • · گسترش امکانات پژوهشی

با توجه به فضای پژوهشی که در مؤسسه وجود دارد، معاونت پژوهشی در راستای اهداف خود و جهت بهینه سازی اوقات طلاب پژوهشگر خود، اقدام به گسترش و تکمیل امکانات پژوهشی خود نمود. از جمله امکانات می توان به موارد زیر اشاره کرد:

- توسعه و تکمیل بانک نرم افزاری

بانک نرم افزاری مؤسسه با بیش از 200 عنوان در موضوعات عمومی و تخصصی، به یکی از قوی ترین بانکهای نرم افزاری تبدیل شده است.

که در موضوعاتی از قبیل: احکام، فقه تخصصی، قرآن، حدیث، عقاید، فرقه ها و نحله ها، تبلیغ، تدریس، و ... طبقه بندی شده است.

- توسعه کتابخانه تخصصی قرآن و حدیث

با وجود اساتید برجسته و صاحب نظر در امر کتاب و کتابداری در مؤسسه، از بروز ترین و مهمترین کتابهای تخصصی قرآن و حدیث مطلع شده و تا حد امکان خریداری شده و در دسترس طلاب قرار می گیرد. عناوین کتابهای کتابخانه تاکنون بالغ بر 4000 می باشد که طبق برنامه ریزی قرار است در سال آینده به 6000 عنوان ارتقا یابد.

- خط اینترنت پر سرعت و سیستم یکپارچه شبکه

با توجه به گستره اطلاعات در جهان و لزوم دسترسی به آنها، خط اینترنت پر سرعت ADSL  که از سالهای قبل وجود داشته به شیوه جدیدی در اختیار طلاب قرار گرفته و با شبکه سازی سیستمها امکانات بیشتری را فراهم آورده است. البته سیاست مؤسسه به استفاده حداکثری از کامپیوتر و اینترنت است لذا با تشویق طلاب به خرید لب تاپ تاکنون قریب به اتفاق طلاب مؤسسه از امکان رایانه شخصی برخوردار شده اند.

- بخش مجلات تخصصی

در این بخش نیز، مؤسسه با اشتراک نشریات و مجلات علمی و تخصصی کشور زمینه پژوهش بهتر را فراهم نموده است. عناوین مجلات تخصصی و عمومی قریب به 30 عنوان می باشد.